सिस्टेमिन हाइड्रोक्लोराइड का उपयोग सौंदर्य प्रसाधन, फीडस्टफ एडिटिव, एंटी-अल्सरेटिव दवा बनाने में किया जा सकता है, इसे जैव रासायनिक अभिकर्मक और भारी मीटल आयनों के जटिल एजेंट के निर्माण में भी लगाया जा सकता है। यह मानव शरीर के एंजाइम के साथ प्रतिक्रिया कर सकता है और विकिरण मौजूद होने पर अपने प्रदर्शन को स्थिर कर सकता है, इसलिए, इसका उपयोग विकिरण सिंड्रोम और टेट्राएथिल लेड के जहर के इलाज में किया जा सकता है। इसे टैबलेट या इंजेक्शन में बनाया जा सकता है।