एल-सिस्टीन मुख्य रूप से दवा, सौंदर्य प्रसाधन, जैव रासायनिक अनुसंधान में उपयोग किया जाता है; लस के गठन को बढ़ावा देने और किण्वन, मोल्ड को बढ़ावा देने और उम्र बढ़ने को रोकने के लिए रोटी सामग्री में उपयोग किया जाता है। विटामिन सी के ऑक्सीकरण को रोकने और रस को भूरा होने से रोकने के लिए प्राकृतिक रस में उपयोग किया जाता है। उत्पाद में विषहरण प्रभाव होता है, एक्रिलोनिट्राइल विषाक्तता, सुगंधित एसिडोसिस के लिए इस्तेमाल किया जा सकता है।