एस्परगिलस ओरिजा, एस्परगिलस नाइजर और राइजोपस राइजोपस जैसे कवक से निकाले गए एंजाइम विभिन्न नैदानिक स्थितियों के इलाज में सुरक्षित और प्रभावी पाए गए हैं। कुछ मामलों में, फंगल एंजाइम पशु-व्युत्पन्न एंजाइम या उपलब्ध अन्य उपचारों से अधिक प्रभावी हो सकते हैं। कुछ फंगल एंजाइम तैयारी विशेष रूप से गैस्ट्रिक एसिड क्षरण के लिए उनके अंतर्निहित प्रतिरोध और एक विस्तृत पीएच रेंज पर शारीरिक या पैथोलॉजिकल रूप से महत्वपूर्ण सब्सट्रेट्स को हाइड्रोलाइज करने की क्षमता के कारण नैदानिक उपयोग के लिए उपयुक्त हैं।
चिकित्सकीय रूप से, कवकएंजाइम की तैयारीवसा, कार्बोहाइड्रेट और प्रोटीन जैसे आहार सब्सट्रेट्स को हाइड्रोलाइज करके पाचन में सहायता के लिए भोजन के समय अक्सर मौखिक रूप से लिया जाता है। अवरुद्ध रक्त वाहिकाओं, थ्रोम्बोटिक रोगों और इस्केमिक रोगों के इलाज के लिए उन्हें अंतःशिरा द्वारा भी प्रशासित किया जाता है। मनुष्यों और जानवरों में नियंत्रित अध्ययनों ने निम्नलिखित सहित विभिन्न स्थितियों में मौखिक और गैर-मौखिक दोनों तरह के विभिन्न फंगल एंजाइम तैयारियों की प्रभावकारिता दिखाई है:
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